Κατά τη διάρκεια των προετοιμασιών στο Φάληρο, στις 22 Απριλίου δυο ομάδες «πιωμένων» νησιωτών και Κρητικών άρχισαν να ανταλλάσσουν βρισιές και πυροβολισμούς με κοντινό τουρκικό οχύρωμα. Ακούγοντάς τους ο Καραϊσκάκης κατευθύνθηκε στους νησιώτες για να τους ηρεμήσει. Επιστρέφοντας έφιππος στην Καστέλα, μια σφαίρα τον πέτυχε λίγο πιο πάνω από την αριστερή βουβωνική χώρα. Μεταφέρθηκε στη σκηνή του και από εκεί στη γολέτα του Τσωρτς που ήταν αραγμένη στο Φάληρο. Εκεί, αφήνοντας οδηγίες και διαθήκη, πέθανε.
Όπως ζήτησε κηδεύτηκε στον Άγιο Δημήτριο στη Σαλαμίνα. Μαζί του κηδεύτηκαν και οι ελπίδες για την απελευθέρωση της Αθήνας. Ο γραμματέας του Δημήτριος Αινιάν, στη βιογραφία «Ο Καραϊσκάκης», αναφέρει ότι ο Καραϊσκάκης πριν πεθάνει εμπιστεύτηκε στους Χατζηπέτρο και Γρίβα:
«…ότι επληγώθη από το μέρος των Ελλήνων, ότι εγνώριζεν τον αίτιον και ότι, αν ήθελε ζήση, ήθελε τον κάμει γνωστόν και εις το στρατόπεδον».
Για να αποκρυπτογραφήσει κανείς το μυστήριο της δολοφονίας του Καραϊσκάκη θα πρέπει να αναλύσει τις σχέσεις του με τους υπόλοιπους πρωταγωνιστές του Αγώνα αλλά και τα διεθνή συμφέροντα που καθοδηγούσαν ανάλογα με τις βλέψεις και τις επιθυμίες τους την Ελληνική Επανάσταση.
Οι σχέσεις του Καραϊσκάκη με τον Μαυροκορδάτο από τον Απρίλιο του 1824 ήταν εχθρικές. Παρά την αποκήρυξή του από τον Μαυροκορδάτο στο Αιτωλικό, ο Καραϊσκάκης έφτασε να διαθέτει χίλιους πεντακόσιους άνδρες που τον ακολουθούσαν πιστά και κατάφερε να γίνει ο Γενικός αρχηγός της Στερεάς Ελλάδας. Η αναφορά του αγωνιστή Σπυρομήλιου, που συμμετείχε σε πολλές επιχειρήσεις υπό τον Καραϊσκάκη έδειχνε ως ηθικό αυτουργό του θανάτου του Καραϊσκάκη, τον Μαυροκορδάτο.
Η απελευθέρωση της Ρούμελης δεν ήταν στις επιδιώξεις του αγγλικού παράγοντα. Ο George Canning, κατά τον Καρολίδη, απαντώντας για το μέλλον της Ελληνικής Επανάστασης ανέφερε ότι σκοπός της αγγλικής διπλωματίας ήταν η συγκρότηση αυτονόμου κράτους που θα το αποτελούσαν μόνον η Πελοπόννησος και οι Κυκλάδες. Και αφού ήταν σαφής η πρόθεση των Άγγλων και του Μαυροκορδάτου για μια τέτοια εξέλιξη, το Μεσολόγγι αφέθηκε χωρίς ουσιαστική βοήθεια. Ο Καραϊσκάκης αποτελούσε εμπόδιο στα σχέδια τους. Ο Δημήτριος Φωτιάδης αναφέρει:
«… Ο Καραϊσκάκης έπεσε θύμα της εγγλέζικης πολιτικής στην Ελλάδα κι εμπνευστές της σατανικής δολοφονίας του στάθηκαν ο Κόχραν, ο Τσόρτς και ο Μαυροκορδάτος…».
Για τη δολοφονία του Καραϊσκάκη αναφέρει σε χειρόγραφό του ο αυτόπτης Ιωάννης Σταυριανός:
«… Τότε είδωμεν εκπυρσοκρότησιν όπλου από τον ημέτερον στρατόν. Και ευθύς ο πυροβολήσας ανεμείχθη εις τον στρατόν. Αυτός ήτον ο επικατάρατος δολοφόνος του Καραΐσκου…».
Καθοριστικός παράγοντας για την αποτυχία στην Αθήνα ήταν ο θανάσιμος τραυματισμός του Καραϊσκάκη στο Φάληρο. Τον θάνατό του ακολούθησε μια ανεξήγητη βιασύνη, χωρίς να ληφθεί υπ’ όψη το σχέδιό του για έντεκα ταμπούρια από το Δέλτα μέχρι τον σημερινό Άγιο Σώστη. Η επίθεση για την Ακρόπολη έγινε στις 24 Απριλίου, χωρίς κανένα συντονισμό, με τους ξένους αρχηγούς να παρακολουθούν με κιάλια από τα πλοία τους.
Απόντος του Καραϊσκάκη, το σχέδιο των Άγγλων για τη συγκρότηση αυτονόμου ελληνικού κρατιδίου με μόνο την Πελοπόννησο και τις Κυκλάδες ήταν πια, πιο κοντά στην πραγματοποίησή του.
